Grundvoraussetzung zum anthroposophischen Verständnis der Migräne ist die Kenntnis der funktionellen Dreigliederung des menschlichen Organismus. Hiernach sind zwei polare Bereiche am Menschen erkennbar, nämlich der Stoffwechselpol und der Nerven-Sinnes-Pol. Dazwischen vermittelt als dritter Bereich das rhythmische System, das in der Atmung und in der Herz- und Kreislauftätigkeit erlebbar ist.
Die Migräne zeigt sich im Sinnes-Nerven-System des Menschen, die Ursache der Erkrankung liegt aber nicht hier, sondern meist im Stoffwechsel-Gliedmassen-Bereich. Durch bestimmte Faktoren wird dieser Bereich so angeregt, dass das Gleichgewicht zwischen den drei funktionellen Bereichen gestört ist und Stoffwechselprozesse das rhythmische System durchdringen und in das Sinnes-Nerven-System hineinwirken können. Nun treten hier Erscheinungen auf wie Blutfülle und leichte Entzündungsreaktionen um die Gehirngefässe herum. Dies sind Prozesse, die normal im Stoffwechselbereich bei der Verdauung auftreten, im Sinnes-Nerven-System führen sie jedoch zum Migräneanfall.
Diese Verlagerung der Stoffwechselprozesse aus dem Verdauungsbereich in das Sinnes-Nerven-System kann verschiedene Ursachen haben: Möglicherweise liegt eine Veranlagung vor, indem das Sinnes-Nerven-System gegenüber dem Stoffwechselsystem relativ oder absolut zu schwach wirkt und damit bei kleinsten Anlässen dessen Druck erliegt. In diesen Fällen kann es schon genügen, dass man sich nach einigen Tagen anstrengender Kopfarbeit entspannt. Durch die Entspannung wirkt der Stoffwechselbereich stärker und löst die Migräne aus. Viele Frauen leiden unter einer Regelmigräne: Geringfügige Belastungen bringen hier das labile Gleichgewicht zwischen den drei Bereichen ins Schwanken.
Es können auch Störungen im Stoffwechselbereich vorliegen, sodass dieser zu stark erregt wird und in seiner Tätigkeit nach oben zum Sinnes-Nerven-System zu stark wirkt. Auslöser können bestimmte Nahrungsmittel sein: Käse, Alkohol, Schokolade, Nüsse, Zucker, Glutamat. Zudem liegen manchmal Störungen in der Darmflora vor. Dies äussert sich durch Verdauungsstörungen, die man aber oft nicht mit der Migräne in Verbindung bringt. Beschwerden nach dem Essen, Brenngefühl im Magen, Verstopfung, Erbrechen, Blähungen, vergrösserte Leber, schmerzhafte Milz, Wechsel zwischen Migräne und Durchfall sind alles Hinweise dafür, dass die Migräne durch Störungen im Stoffwechselbereich ausgelöst wird. Eine ursächliche Behandlung muss hier ansetzen, wenn sie Erfolg haben soll.